余干县坚决贯彻落实习近平总书记关于长江经济带“共抓大保护、不搞大开发”的重要指示精神，与上游万年县、下游鄱阳县共同构建起“互惠互利、合作共赢”的横向生态保护补偿机制，积极开展水生态环境综合治理，流域内水环境质量得到明显改善。
一是责任共担。按照“谁获益，谁补偿”“谁污染，谁赔偿”的原则，明确流域上游主体承担保护生态环境的责任，享有受偿权，流域下游主体履行生态补偿义务，同时享有生态保护受益权利。受益者付费，保护者得到合理补偿。流域范围内的三县对流域可持续发展和水环境质量的改善承担共同责任。
二是流域共治。加强联动合作，建立了协调沟通、信息共享、监测预警、应急响应、执法协作、合力治污等联防共治机制，协力加强信江流域水环境保护工作。印发了《余干县流域上下流横向生态补偿工作方案》，着重加强工业污染治理和农业面源污染防治，确保城市污水收集率100%。
三是机制共建。在上饶市财政局、生态环境局、发改委、水利局共同指导下，三县自主协商建立信江流域横向生态保护补偿机制，各自筹措300万元生态补偿筹备金，商定考核标准和补偿范围，签订横向生态保护补偿协议。市生态环境局定期对交界处断面水质进行考核，市财政局根据考核结果负责补偿资金的扣缴与结算，市发改委、水利局等部门督促生态补偿资金用于流域内水污染防治工作，充分发挥了生态补偿资金的激励成效。
2020年，经检测，余干县与鄱阳县交界处断面水质已连续12个月达到II类标准，比去年考核基准分上浮3分，按照横向生态保护补偿协议，今年余干县将获得下游鄱阳县补偿100万元。
